Fatih Sultan Mehmet İstanbul’u 50 gün kadar kuşatıp fetih müyesser olmayınca, Veliyyüddin Ahmet Paşayı Akşemseddin’e göndererek, fethin ne zaman olacağını sormuştu. Akşemseddin, uzun bir murakabeden sonra: “İş bu senenin Rebiul’âhir ayının 20. günü seher vaktinde sıdk u himmetle filan canipten hücum etsinler. O gün fetih ola!... Kostantaniyye sedâyı ezan ile dola” demiş ve dediği gün fetih müyesser olmuştur.
Fetihten sonra Fatih, hocası Akşemseddin ile beraber İstanbul’u gezerken şehir halkından bir çok kimseler fatih’e çiçek takdim ettiklerinde Fatih hocasını göstererek: “Fatih benim ama, o benim hocamdır. Şehrin manevi fatihi odur. Çiçekleri ona veriniz” demiştir.
Akşemseddin’e intisap ederek tarikata girmek istemesi üzerine Hocası: “Sultanım! Sen bizim tattığımız lezzeti tadacak olursan, saltanatı bırakırsın. Devlet işlerini tamam yapamazsın. Dîn-i İslam’ı yayma işi yarıda kalır” demiş ve müritliğe kabul etmemiştir.
29 Mayıs 1453 tarihi Salı günü İstanbul fethedilmişti. Üç gün içinde Ayasofya Camiye değiştirilerek ilk Cuma namazında orada Akşemseddin Hazretleri hutbeyi okumuş ve Cuma namazını kıldırmıştır.
Ayasofya Camiî:
 532-537 yıllarında (Hz. Peygamber (sav)in doğumundan 39 sene önce) Jüstinyen tarafından yaptırılmış ve o yıl 25 Aralık günü Noel münasebetiyle ibadete açılmıştır. 915 sene 5 ay 5 gün kilise olarak kalmıştır. 1 Haziran 1453 cuma günü Camiye çevrilerek ibadete açılmış ve 481 sene 8 ay 2 gün Cami olarak kalmış ve 1 Şubat 1935 tarihinde müzeye çevrilmiştir. 
İstanbul fethedildiğinde Ayasofya ve çevresi bakımsız bir halde idi. Fatih burayı vakfederek yanına sonraları çeşitli değişikliklere uğrayan bir medrese yaptırmış; caminin doğu köşesine de tahtadan bir minare yaptırarak tahrip olup yıkılmaktan kurtarmıştır. Osmanlı padişahları Ayasofya Camiine büyük önem vermişlerdir. İkinci Bayezid tahta minareyi tuğlaya çevirip, yanına bir minare daha yaptırmıştır. İkinci Selim ise, Mimar Sinan'la birlikte iki minare daha ilave edip, kubbeyi de destekle güçlendirerek yüzyılların yüküne dayanabilecek sağlamlığa kavuşturmuştur. Daha sonra III. Murat mermer mihrab ve mahfilleri, IV. Murat taş kürsüyü, III. Ahmet avludaki şadırvanı yaptırmıştır. Hattat Kazasker Mustafa İzzet Efendi'nin sekiz metre çapındaki daire şeklinde yazı levhaları, birer sanat şaheseri olarak camide yerini almıştır. 
Nihayet 10 temmuz 2020 tarihinde Danıştay kararı ile ve Cumhurbaşkanımız Recep Tayyip Erdoğan’ın imzası ile aslına rucu ettirilerek ikindi namazında ilk ezan Ayasofya’nın minarelerinden okunmaya başladı.