Vatan için çırpınan Kemal Bey 1918 Haziranında İngiliz uşağı Türk polikacıların İngiliz ve Ermenilerin baskısı sonucu Kemal beyin görevine son verildi ve tutuklandı. Kemal Bey Konya İstinaf mahkemesinde yargılanıp berat etmesine rağmen yeniden tutuklandı ve Divan-ı Harpde yargılanmak üzere İstanbula gönderildi.  İstanbul işgal altında Kemal Beyi savunacak avukat bile bulmak zor. Saadettin Ferit adında bir avukat gnüllü olarak davayı üstlenir. Divan- ı harbin başkanlığını Hayret paşa yapıyordu.savcılığını ise Sami bey. Sami bey idtihanamesinde" yüz yıllardan beri Osmanlı saltanatında refeh ve saadet içerisinde yaşayan gayri müslüm unsurların sebeb oldukları olaylar idari hatalardan çok dış tesirlerden doğmuştu......Ermeniler çok iyi hazırlanmış teşkilatlarıyla  Osmanlı vilayetlerinin en önemli ve sınır bakımından en tehlikeli bölgelerinde bir takım mühüm hareketlerde bulunmuşlardı. Bunun üzerine savaş hükümeti 1331 senesi mayısında tehcire baş vurmuş ve yanlış bir düşünceyle bu işi çovuklara ve kadınlara kadar yaygınlaştırmıştı. İşte bu tetbirsizlik nedeniyle bazı kimseler şahsi çıkarlarını düşünerek bilinen faciaları meydana getirmişlerdi"diyordu. Savcıya göre Kemal Bey suçlu idi. En ağır cezaya çarptırılmadı gerekiyordu. Ermeni komitacılar mahkeme sıradında yalancı şahitlik yapmışlar, Kemal Beyin varmış gibi suçlarını tek tek söylemişler Ermeni çocuklar bile mahkemeye şahit olarak getiriliyordu. Ama bu mahkeme sırasında yine Anadulu,da Ermeni mezalimi devam ediyor,öldürülen askerler ırzlarına geçilen kızlar,süngü ucuna takılıp fırlatılan çocukların haberleri gelmeye devam ediyordu. Kemal Bey bu suçlamalara göre hiç üzülmüyor ve vatanı için yargılanan bir Türk evladı gururu ile dimdik ayakta duruyordu. Avukatların savunması karşısında mahkeme başkanı " Kemal Bey emin olun mahkeme hükmünü hiç bir dış etkiye kapılmaksızın sırf viçdanı kanaatine göre verecektir" diyordu. Halbuki Kemal beyin asılması için Fransız ve İngiliz işgal kuvetlerinin kumandanlarının ve Ermeni patriği Zaven in ağır badkıları devam ediyordu. Bu baskılara dayanamayan Divan'ı harp başkanı Hayret paşa damat Ferit paşa ile yaptığı şiddetli bir münakaşadan sonra istivasını veriyordu. Yerine Nemrut lakablı maruf " Kürt Mustafa paşa tayin ediliyordu. Mahkeme artık mahkeme olmaktan çıkmış kendilerine verilen " Kemal Beyi asın" emrini yerine getirmekte görevli bir uşaklar heyetine dönüştü. Kemal Bey Nemrut paşaya: bir memur aldığı emre iteat etmekte mükelleftir,ben aldığım emrin gereyini yerine getirdim.Sürgün olarak kasabadan çıkartılanlara en insani harekette bulundum,nitekim şimdi hiç bir viçdan azabı duymuyorum. Nemrut Mustafa oturduğu yerden fırlayarak_- " kış kıyamette bu kadar insanı çoluk çocuğu ile dağlara,yaylalara sürerken Allah,dan hiç mi korkmadın?. Bir gün senden bunların sorulacağını düşünmedinmi? Hem üstelik jandarmalara onların sürülmesinde emretmişsin, ne dersin? Kemal Bey - bunu asla kabul etmem, ben kimsenin ölümü için emir vermiş bir adam deyilim.- On binlerce zavallıyı kadın çocuk demeden bu Allahın kışında soğukda dağ başlarında yürütmek sanki süngülenmekten dahamı iyidir? Üstelik sen bir idare amirisin bunları senin himayene vermişlerdir. Sonra sesini yükselterek soruyordu -.Memleketimiz dahilinde yaşayan vatandaşların birini diyeri üzerine sevk ederek can ve mal tecavüzüne teşvik etmenin cezası nedir bilirmisin?.- İdamdır paşam.- Kendi hükmünü kendi ağzınla verdin Kemal Bey bizde senin için bu kararı vermiştik. Aslında idam kararı önceden verilmiş hazırlanmıştı. Bir vatan evlafı daha sehbaya hidecekti